Museets samlinger av døde dyr oppbevares på mange forskjellige måter, alt etter størrelse og type. Store fisker ligger våtfiksert i store beholdere, mens planktonkreps er samlet tusentall i små tuber. Pattedyr og fugl finnes både utstoppet og skinnlagt. Noen individer er også lagt på sprit, eller er representert i eggsamlinger og beinsamlinger. Insekter finnes som tørre preparat satt enkeltvis på nåler, eller som våtpreparat i tuber og glass. Alt materiale har etiketter med viktige opplysninger om objektet. Den såkalte Typesamlingen er ekstra godt sikret fordi den består av individer som er brukt ved beskrivelse av nye arter. 

NTNU Vitenskapsmuseets zoologiske samlinger omfatter rundt en million objekter. Flere av samlingene har fremdeles stor tilvekst hvert år. En helt ny samling av vevsprøver til bruk ved DNA-analyser og analyser av miljøgifter er under oppbygging. 

Se serien Døde dyr i arkivet på nett-TV!

TV-Adressa og NTNU Vitenskapsmuseet presenterer utover våren 2011 i alt 11 episoder for nett-TV med tittelen Døde dyr i arkivet. Per Gustav Thingstad og Jørgen Rosvold fra Seksjon for naturhistorie forteller om dyrene, mens Frank Lervik fra TV-Adressa står bak filmen. 

Episode 1: Kjempeblekksprut fra Trondheimsfjorden 

Episode 2: Koalabjørn 

Episode 3: Villsvin 

Episode 4: Nebbdyr 

Episode 5: Moskushjort 

Episode 6: Vandredue  

Episode 7: Bisam 

Episode 8: Kåte fuglers sjekketriks (Seksuell seleksjon) 

Episode 9: Syvsover 

Episode 10: Dovendyr: På do en gang i måneden! 

Episode 10: Mammut: Trøndersk kjempe!